Die Säkularisation bedeutete zunächst das Ende für das Kloster. Im März 1802 wird Rosenheim als Zentralkloster für alle anderen aufgelösten Klöster erklärt. Im Oktober 1803 werden die Kapuzinerpatres ausgewiesen und das kirchliche Inventar versteigert. 1804 werden die Baulichkeiten veräußert und 1808 schließlich die letzten Reste von Kloster und Kirche abgebrochen. An der Stelle des Klosters baut der Staat ab 1808 die königliche Saline Rosenheim, an die noch heute der Salingarten erinnert.
1854 wurde das Kapuzinerkloster an seiner heutigen Stelle neu aufgebaut und die alte St. Sebastianskirche mit einbezogen.